여행사가 받는 장려금은 그 성격과 내용이 다양하다. 항공사로부터 받는 장려금은 부가가치세가 과세되지만 과세대상이 아닌 장려금도 있다. 여행사는 각종 예약시스템 일명 ‘CRS(Computer Reservation System)’를 이용하여 항공권을 예약한다. 이러한 예약시스템을 이용하려면 예약시스템을 제공하는 회사에 컴퓨터 단말기장비를 임차하여 쓰는 대가인 임차료, 예약용 컴퓨터 소프트웨어를 이용하는 대가인 이용요금을 부담한다.

그런데 여행사가 예약시스템 제공회사의 시스템을 대량으로 사용하는 경우 장려금으로 여행사는 수수료를 지급받는다. 이를 보면 예약시스템을 제공하는 회사는 여행사에 장비와 소프트웨어를 제공하고 대가를 받고 항공사에도 마찬가지로 예약시스템을 제공하는 대가를 받는 기업이다. 그런데 여행사가 이러한 예약시스템을 대량으로 이용하는 경우 예약시스템 제공회사가 거꾸로 장려금을 주는 경우에는 여행사가 예약시스템 제공회사에 재화나 용역을 공급하지 않고 장려금을 받게 되어 부가가치세과세대상에 제외되는 것이 마땅하다.

이에 대해 국세청은 2005년 부가가치세과세대상이 아니라는 입장을 확인하고 세금계산서 발행대상이 아닌 것으로 해석하였다(2005.4.21. 아시아나 애바카스 인터넷 상담). 그러나 이러한 질의회신은 법적인 효력이나 공식적인 견해로 인정되지 않는 문제점이 있다. 따라서 필자는 이에 대하여 공식적으로 재 질의하였으나 결국 동일내용의 질의에 대하여 ‘장려금과 인센티브가 장려금인지 또는 용역대가인 수수료인지 여부는 당해 거래의 실질내용을 종합하여 사실판단 할 사항’으로 답신하였다(서삼-786, 2005.6.7.). 그러나 그 후 2007년 국세청의 예규는 항공권 예약ㆍ발권시스템 운영사업자가 자기의 시스템 사용유도를 위해서 여행사와 사전 약정한 시스템의 이용실적에 따라 여행사에게 지급하려는 장려금은 과세대상에 해당되지 아니한다고 해석하였다(서면3팀-3231, 2007.11.30.).

국세청의 답변은 다음과 같다. “항공권 예약ㆍ발권시스템 운영사업자가 자기의 시스템 사용유도를 위해서 여행사와 사전 약정한 시스템의 이용실적에 따라 여행사에게 지급하려는 장려금은 「부가가치세법」에 의하여 과세표준에서 공제하지 아니하며, 재화 또는 용역의 공급과 관계없이 여행사가 지급받은 동 장려금은 과세대상에 해당되지 아니함.”
 
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