과거 항공권 판매수수료는 항공사로부터 받았다. 지금도 일부 항공사는 수수료를 지급하거나 그렇지 않더라도 인센티브를 지급하는 경우가 있다. 이러한 수수료에 대하여는 항공사에게 세금계산서를 발행한다. 항공권을 판매하는 경우 용역의 공급자는 여행사고 용역의 구매자는 항공사이기 때문이다. 즉 여행사가 항공사에 세금계산서를 발행해야 한다.

그러나 항공권 판매 후 손님으로부터 취급수수료를 받고 항공사로부터는 수수료를 받지 않는 경우 손님에게 영수증 또는 세금계산서를 발행해야 한다. 여행사가 고객에게 항공권 판매에 따른 상담, 항공정보의 제공, 항공권의 발행 등 각종 서비스를 제공하고 그에 대한 대가를 징수하는 경우 여행사는 고객에게 영수증을 교부하는 것이나, 공급을 받는 자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 교부를 요구하는 경우에는 세금계산서를 교부해야 한다(부가가치세과-4030,
2008.11.6.). 2008년도 경 여행사가 국세청에 질의하여 나온 해석이다. “지금까지 여행사는 항공사의 항공권을 판매하면 항공사로부터 일정률의 수수료를 받았으나 최근 항공권 발권에 따른 수수료를 폐지할 예정임. 항공사의 수수료 폐지는 여행사가 항공권을 구매하는 손님에게 항공권 판매에 따른 상담, 항공정보의 제공, 항공권의 발행 등 각종 서비스를 제공하고 그 서비스에 대한 대가를 고객으로부터 받도록 하는 제도임. 한편 여행사는 2008년부터 통계청 업종분류가 운수업에서 사업서비스업으로 변경되었음. 여행사가 고객에게 각종 서비스를 제공하고 그에 대한 대가를 징수하는 경우 그 대가에 대해 영수증을 발행할 수 있는지.”

항공요금에 대한 영수증은 어떻게 해야 할까. 여행사는 단순히 수탁판매 또는 판매 대리를 하므로 항공권대금은 항공사가 제공하는 항공기에 의한 항공운송서비스에 대한 대가다. 따라서 여행자에게 항공요금에 대한 세금계산서를 발행할 의무는 항공사에 있다. 손님이 세금계산서를 요구하면 여행사 입금표나 보통의 영수증을 발행해 주고 항공권을 건네주면 된다. 그러나 거래상대방이 세금계산서를 요구하는 경우 세금계산서를 발행할 의무도 권리도 없으므로 발행하면 안 되며 항공사가 발행해야 하지만 항공사의 외국항행용역, 즉 항공권 판매에 대하여는 세금계산서 발행을 면제하고 있다(부가 46015-395, 2000.2.19.). 따라서 항공권 사본이 영수증 역할을 한다.
 
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