항공사들은 항공편을 이용하는 승객 중 ‘정규 통과여객 이용승객’ 및 ‘비정상 운항편’ 승객에 대해 지상에 체류하는 동안 다양한 제반서비스를 제공한다. 호텔숙박, 공항과 호텔 간의 지상운송 및 식사, 기타 관광서비스 등이 포함된다. 정규 통과여객이란 여객의 여정 상 항공편 탑승을 위해 일정지역에서 불가피하게 항공사의 비용으로 체류하게 되는 여객을 말하고, 비정상 운항 편 승객이란 항공편의 장시간 지연 및 결항으로 부득이 항공사의 비용으로 지상에 체류하는 여객을 말한다. 이러한 서비스는 항공사가 직접 제공하기 어려울 때에는 여행사 등과 용역대행계약을 체결하여 제공하기도 한다.

이러한 용역대행계약의 비용정산은 대행사가 용역을 제공하면서 실제발생한 비용을 먼저 지급하고 항공사는 동 비용과 용역대행수수료를 사후에 정산하는 방식으로 진행한다. 이 경우 체류 호텔 및 관광서비스 등급, 제공 식사 횟수 및 제공 식단과 식당등급 등은 항공사가 정하고, 각 업체들과의 계약은 대행사가 진행한다. 계약상 업무대행과 관련하여 발생한 법적 책임은 대행사가 부담한다. 이렇게 항공기를 이용하는 승객이 지상에 체류하는 동안 항공사가 제공하여야 할 호텔숙박 등의 서비스를 항공사와 여행사와의 업무대행계약에 의해 여행사가 자기책임 하에 제공하는 경우, 승객에게 용역을 제공하는 호텔 등은 여행사를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 작성ㆍ교부해야 한다. 또 그 여행사는 정산금액과 대행수수료의 합계금액에 대하여 항공사에게 세금계산서를 교부해야 한다(부가가치세과-956, 2009.3.10.). 전액에 대하여 세금계산서를 발행하는 것이다.

여행사가 호텔숙박권의 판매의 경우에도 도급판매가 있을 수 있다. 호텔이 여행사에게 수수료를 주지 않는 대신에 일종의 도급판매 형태로 거래방식이 있다. 즉 여행사는 호텔의 일정기간 숙박권 또는 객실을 매입하여 거기에 일정한 마진을 붙여 판매하는 것이다. 이에 대한 국세청은 항공권의 경우에는 부가가치세가 과세되지 않는 것으로 해석한다. 여행알선 사업을 영위하는 사업자가 외국행용역을 제공하는 사업자로부터 외국항행 항공권을 구매해 판매하는 경우 당해 항공권의 매매거래는 의한 부가가치세 과세대상에 해당되지 아니한다(재소비46015-117, 2003.4.28.). 그러나 과세여부와 세금계산서 발행관계를 확인하기 위해 답변받는 것이 바람직하다.
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