여행사의 여행알선 매출 관련 매입세액 공제문제에 대한 가장 오래된 국세청 질의응답 중 하나는 1977년에 나온 것이다. 그 응답은 다음과 같다. “국내 여행사가 외국 여행사로부터 의뢰를 받아 여행알선을 해주고 수수료를 포함한 제 경비를 받아 관광경비(숙박료, 교통비, 식사비 등)를 대신 지불하는 방법으로 여행 알선 수수료를 받고 있는 경우, 관광객의 운송, 숙박, 식사 등에 관련된 매입세액은 당해 사업자의 여행알선용역의 공급에 관련된 매입세액이 아니므로 공제할 수 없음.”(간세1235-2352, 1977.8.2.).

당시 관련법은 여행사가 아니라 여행알선업으로 칭했다. 이러한 명칭이 세법에 고스란히 남아 여행알선에 대한 부가가치세 문제가 발생했던 것으로 추정된다. 위의 예규에서 여행알선업을 “제 경비를 받아 관광경비(숙박, 교통, 식사비 등)를 대신 지불하는 방법으로 여행 알선 수수료를 받고 있는 경우”라고 정의한다. 쉽게 말하면 관광객이 부담할 숙박비용, 교통비용, 식사비용을 여행사가 대신 받아 지급한다는 것을 의미한다. 이를 여행 ‘알선’이라고 명명했다.

여행알선업을 영위하는 사업자의 부가가치세 매입세액 공제에 대해서는 관광 알선 용역을 공급하고 받은 수수료를 과세표준으로 해 매출세액이 공제된 매입세액을 계산한다. 이 매입세액은 당해 관광알선 용역의 공급에 관련된 매입세액에서 공제되는 것이라고 해석할 수 있다. 

부가가치세 매입세액은 업무와 관련된 매입세액만을 공제해주는 것이 원칙이다. 따라서 관광알선 용역을 사업으로 하는 여행사의 경우 그 용역에 관련된 매입세액만을 공제한다. ‘관광객의 운송, 숙박, 식사 등에 관련된 매입세액은 당해 사업자의 여행알선용역의 공급에 관련된 매입세액이 아니므로 공제할 수 없음’이라는 해석은 언 듯 이해가 되지 않을 것이다. 여행 알선 용역의 공급에 관련된 것으로 보이기 때문이다. 그러나 “관광경비를 대신 지불하는 방법으로 여행 알선 수수료를 받고 있는 경우”라는 표현에서 알 수 있듯이 관광경비는 관광객이 부담할 비용이지 여행사의 비용이 아니다. 따라서 여행사의 비용이 아닌 지출과 관련된 부가가치세 매입세액은 공제되지 않는다.
 
 
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