여행사를 이용하는 기업고객이 여행사에게 지급한 금액에 대한 증빙불비 가산세에 관한 국세청의 예규는 2000년 11월16일에 처음 나온 것으로 보인다. 이 예규를 보면 “기업이 여행사를 통해 여행을 하고 여행사에게 여행알선용역의 대가를 지급할 때 여행사의 알선 수수료 외에 교통비, 숙박비, 입장료 등 여행경비를 함께 지급한 후 동 여행경비를 여행사로 하여금 대신 지급하도록 한 경우 그 위탁 지급한 여행경비에 대하여도 지출증빙서류를 수취하여야 한다. 이를 수취하지 아니한 경우에는 증빙불비 가산세를 납부하여야 한다(법인46012-2268, 2000.11.16.).” 여행사의 알선수수료를 제외한 경비에 대해서는 여행사가 세금계산서를 발행할 수 없으므로 숙박비 등을 지급한 호텔 등에서 정규 영수증을 기업고객이름으로 받아 제공하라는 것이다.

여행업을 영위하는 사업자가 여행객에게 여행용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우에 부가가치세과세표준은 여행객으로부터 받는 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이다. 그러나 여행알선수수료와 여행객이 부담하여야 하는 숙박비, 교통비, 식사비, 입장료 등을 구분계약 하여 그 대가를 받는 경우에는 당해 숙박비 등은 부가가치세과세표준에 포함하지 아니하는 것이며, 당해 숙박비 등에 대하여는 여행사는 세금계산서를 여행객에게 교부할 수 없다(부가46015-1296, 2000.6.2.).

여행사를 이용하는 고객이 사업자인 경우 지출증빙을 갖춰야 한다. 문제는 여행사가 부가가치세법 상 매출을 총액으로 신고하여야 하는지 아니면 순액으로 신고해야 하는지를 법과 판례 등을 감안하여 결정하여야 한다. 총액으로 신고하는 경우에는 전액에 대하여 세금계산서를 발행해주어야 한다. 순액으로 신고해야 하는 경우 여행사가 받은 금액 중 여행사의 매출인 수입수수료를 제외한 숙박비, 교통비, 입장료 등에 대하여는 여행사가 대신해 고객을 위한 호텔, 운수회사 등으로부터 세금계산서 등 지출증빙을 받아서 주는 것이 원칙이다(서이 46012-10582, 2001.11.20.). 즉, 여행사를 이용하는 관광객(기업 포함)은 해외에서 호텔, 음식 등을 이용하고 지급하는 이용요금에 대하여 영수증을 받아야 한다.  관광객이 여행사를 통하여 해외관광 등을 하더라도 해외에서 이용하는 호텔숙박비 등은 여행사가 부담하는 것이 아니며, 이는 여행사가 대신 지급하는 것일 뿐 그 부담은 여행자의 몫이기 때문이다. 
 
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