장려금이 과세대상이 아니라는 근거로 제시하는 국세청 해석(서삼 46015-11569, 2003.10.8.)을 보면 “사업자가 자기 재화의 판매촉진을 위해 거래상대자의 판매실적에 따라 판매 장려금을 금전으로 지급하는 경우 당해 판매 장려금에 대해는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임”이라고 하고 있다. 대부분의 여행사들과 항공사들은 이러한 국세청 해석과 유사한 국세청의 많은 해석을 근거로 부가가치세를 내지 않아도 된다고 판단한 것 같다. 부가가치세는 재화나 용역을 ‘공급하는 자’가 재화나 용역을 공급하고 받는 대가에 대해 과세하는 세금이다. 따라서 재화나 용역을 공급하는 사업자가 아니거나 재화나 용역을 공급하지 않은 경우에는 부가가치세를 낼 의무가 없다. 예를 들어 보자. 삼성전자가 개인이 운영하는 대리점에 컴퓨터를 공급한다고 하자. 삼성전자는 대리점에 컴퓨터를 판매하고 대리점으로부터 대가를 받는다. 따라서 삼성전자는 재화인 컴퓨터를 공급하고 대가를 받았으므로 부가가치세를 내야한다. 또한 대리점은 삼성전자로부터 구매한 컴퓨터를 소비자에게 판매한다. 마찬가지로 대리점도 재화인 컴퓨터를 소비자에게 공급하고 대가를 받았으므로 부가가치세를 내야한다. 여기서 삼성전자가 판매촉진을 위해 분기마다 매출이 일정률 이상 증가하는 대리점에 천만 원의 판매 장려금을 주기로 하였다고 가정하자. 이 대리점은 삼성전자가 정한 비율이상 매출이 증가해 판매 장려금 천만 원을 받았다고 가정하자. 이 경우 대리점은 천만 원에 대해 부가가치세를 내지 않는다. 왜냐하면 대리점은 삼성전자에 컴퓨터를 판매하지 않았기 때문이다. 즉 이러한 경우 재화나 용역의 공급자는 삼성전자이고 장려금을 받는 대리점은 삼성전자에 재화나 용역을 공급한 사실이 없으므로 부가가치세가 과세되지 아니한다는 것이다(부가가치세법 기본통칙 §13-48-8). 

여행사와 항공사의 관계는 삼성전자와 그 대리점과의 관계와는 전혀 다르다. 거래의 양상이 근본적으로 다르기 때문에 설령 판매 장려금이라는 같은 이름의 돈을 지급했지만 부가가치세 과세여부는 다르게 판단하는 것이다. 물론 판매수수료를 받는 경우와 서비스 요금을 받는 경우도 다르다. 과거에는 항공사로부터 판매수수료를 받았으나 지금은 판매수수료를 받는 경우도 있고 받지 않는 경우도 있어 복잡해졌다.
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