항공권 판매수수료를 항공사로부터 받는 경우의 장려금에 대한 부가가치세 문제에 대해 살펴본다. 항공사로부터 판매수수료를 받는 거래에서 여행사는 항공사로부터 위탁 받거나 항공사를 대리하여 항공권을 고객에게 판매한다. 

즉 여행사는 항공사에게 항공사의 항공권을 대신해 판매하는 ‘용역’을 제공하고 이러한 용역의 대가로 항공사로부터 판매수수료를 받는 것이다. 이러한 거래에서 여행사는 항공사에게 항공권을 대리하거나 수탁을 받아 항공권을 판매하는 용역을 공급하는 것이다. 

즉 항공권을 구매하는 소비자에게 항공기에 의한 운송용역을 제공하는 것이 아니다. 따라서 여행사는 어떠한 명목으로 항공사로부터 돈을 받든지 여행사가 항공사에게 제공하는 용역의 대가로 받게 되는 것이다. 따라서 항공사로부터 받는 어떠한 금전이나 대가도 부가가치세가 과세된다.

세법에 따르면 부가가치세의 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금, 요금, 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 정하고 있다. 즉 여행사의 거래상대방인 항공사로부터 받는 금액이 그 이름(명목)이 무엇이든지(장려금) 부가가치세가 과세된다는 의미다. 

따라서 항공사로부터 받는 VI(Volume Incentive) 등 특별수수료는 어떤 형식으로 지급되든 부가가치세가 과세된다. 일정목표초과분에 대하여 지급하는 수수료(판매 장려금)도 부가가치세과세표준에 포함하는 것이라고 국세청은 해석했다(부가 46015－1251, 2000.5.30.; 부가 46015－816, 1996.5.2.). 

또한 이러한 수수료를 여행사가 항공사에게 지급할 송금액을 삭감해 주는 방식인 경우에도 부가가치세가 과세되는 것으로 하고 있다(서삼－21, 2005.1.5.). 실제로 일부 회사들이 이를 착각하여 부가가치세를 납부하지 않다가 추징되어 국세심판을 청구하였으나 져서 이제 부가가치세 과세 여부에 대한 논란이 종결됐다(국심 97중1651, 1997.10.29.).