여행사가 관광객과의 계약에 따라 여행용역을 일괄 제공하면서 자동차대여사업자로부터 개별소비세가 과세되는 승용자동차를 임차하여 관광객에게 제공하는 경우 해당 승용자동차 임차에 관한 매입세액은 「부가가치세법」제17조 제2항 제4호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니한다(부가가치세과-627, 2012.5.31.). 이 해석이 2012년의 해석이므로 당시 「부가가치세법」제17조 제2항 제4호는 “「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다.)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액”은 공제되지 않는다고 정하였다. 2017년 현재는 제39조 1항 5호로 똑같이 “「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다.)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액”은 공제되지 않는다고 정하고 있다. 즉 승용차와 관련된 매입세액은 운수업이나 자동차판매업을 제외하고는 공제되지 않는다고 규정하고 있다.

현행 부가세 과세는 전 단계 세액공제 법을 기본적 구조로 채택하고 있다. 공제되는 매입세액으로서, ① 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 ② 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 규정하고 있다. 그러나 매입세액 전부가 공제되는 것은 아니고, 공제가 부인되는 매입세액이 있는데, 매입세액 불공제의 유형은 크게 두 가지로 구분할 수 있다. 첫째는 면세사업관련 매입세액과 같이 부가가치세의 기본원리상 매입세액을 불공제하는 유형이고, 둘째는 조세정책이나 과세절차상 매입세액을 불공제하는 유형이다. 이에는 세금계산서 불성실 관련, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액, 비영업용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액, 접대비 및 이와 유사한 비용, 사업자등록 전의 매입세액이 있다(청주지법2007구합844, 2008.4.24.). 대체로 공제대상이 되는 매입세액에 관하여 그 기준을 사업관련성에 두고 있다. 즉 과세대상사업을 영위하는 사업자가 사업과 관련하여 지출한 경우에만 관련 부가가치세대급금을 공제하는 것이다. 따라서 면세사업자는 부가가치세법 상 사업자로 보지 않으므로 공제받지 못한다. 또한 접대비, 승용차(리스료, 유류비 및 주차료 포함), 토지와 토지개발비 등에 대하여도 공제되지 않는 규정을 두고 있다.
 
 
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