2012년 1월에 한 여행사가 국세청에 부가가치세 매입세액에 대한 질의를 했다. 질의의 요지는 다음과 같다. “공공기관에서 발주한 해외여행 관광용역에 대한 입찰을 수주하여 행사를 완료했고 행사비를 청구했으나, 공공기관에서는 여행경비총액에 대한 세금계산서를 요구했다. 여행사는 항공료발권 영수증과 해외 현지에서 사용한 내역을 적시하고 해외 현지비용 영수증을 첨부하고 알선수수료에 대한 세금계산서를 발행했다. 이렇게 여행업을 영위하는 사업자의 부가가치세 과세표준이 총액인지 혹은 알선용역에 대한 수수료인지요?” 그러나 이러한 질의에 대해 국세청은 “「관광 진흥법」에 따른 여행업을 영위하는 사업자의 부가가치세 과세표준과 관련하여서는 「부가가치세법 기본통칙」 17-0-10(여행업의 매입세액공제범위)을 참고하기 바람”이라고 회신했다(부가가치세과-21, 2012.1.9.). 그런데 국세청이 제시한 「부가가치세법 기본통칙」17-0-10을 보면 “「관광 진흥법」에 따른 여행업을 영위하는 사업자의 과세표준은 여행알선용역을 제공하고 받는 수수료이므로 해당 여행알선용역의 공급에 직접 관련되지 아니한 관광객의 운송ㆍ숙박ㆍ식사 등에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 정하고 있다. 쉽게 말해 여행사가 매출을 알선으로 신고하여 수수료만 신고하는 경우에는 여행에 따른 ‘원가’와 관련된 매입세액은 공제되지 않는다는 것이다. 당연한 답신이다.

이와 관련하여 2013년에 특수한 거래에 대한 질의가 있었다. 외국여행사가 국내로 송출한 외국인관광객에게 국내여행 서비스와 국내의 물품(김, 홍삼, 화장품 등) 판매점을 소개ㆍ홍보하는 서비스를 제공하고 있는 여행사의 사례다. 이 여행사는 관광객들이 판매점에서 구매하는 상품가액의 일정비율을 판매점으로부터 수수료 명목으로 지급받아 매출로 인식하고 부가가치세 과세표준으로 신고한다. 그리고 여행서비스와 관련해 관광객들의 여행경비(숙박비, 식대, 놀이공원 입장료 등)는 여행사가 부담하며 판매점으로부터 수수하는 수수료 수익으로 충당하고 있다. 이것이 많은 외국인 관광 여행사의 실정이기도 하다. 외국 여행사는 여행사에 알선수수료를 지급하지 않거나 일부만을 지급하고 있으며, 여행사가 외국여행사에게 지급하는 경우도 있다. 문제는 이렇게 여행사가 부담한 여행경비의 매입세액을 공제받을 수 있는지의 여부이다. 국세청은 매입세액을 공제하지 못한다고 회신했다. 
 
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