A 외국항공사의 한국지점(외국법인)은 서울과 외국 간의 여객(거의 왕복) 및 화물(편도)을 운송하는 사업을 영위한다. 따라서 이 외항사의 국내지점은「부가가치세법」법령에 따라 영세율 적용을 받고 있으며, 또한 「법인세법」법령에 의거 법인세를 면제받고 있다.

「법인세법」법령을 보면 외국법인의 국내원천소득은 국내에서 영위하는 사업에서 발생하는 소득이다. 외국법인이 국제운송업을 영위하는 경우 국내에서 탑승한 여객이나 적재한 화물로 발생하는 수입금액과 경비, 국내업무가 소득의 발생에 기여한 정도 등을 고려해 계산한 것을 법인의 국내업무에서 발생한 소득이라 규정한다. 또한 국내영업장이 있는 외국법인이 제공하는 외국항행용역에 대한 영세율은 당해 외국법인이 상호면세국의 사업자에 해당하는지 여부에 따른다. 상호면세 국가일 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 것에 한해 영세율을 적용한다고 규정돼 있다.

A 외항사 국내지점의 영업형태는 여객을 왕복운송하고, 국내 여행사에서 왕복요금의 판매가 이루어지는 것이다. 국내지점은 판매된 왕복운임 전액을 영세율로 신고했으며, 이에 대한 일정액의 수수료와 부가가치세를 해당 여행사에 지급했다. 

A 외항사 국내지점은 이러한 영업에 대한 부가가치세의 영세율 적용을 질의했다. 승객이 한국에서 탑승해 왕복하는 경우 부가가치세가 왕복요금 전체에 혹은 한국탑승분에만 영세율이 적용되는지가 첫 번째다. 세법상 매출을 왕복요금 전체를 국내지점의 매출로 보는지 아니면 국내탑승분만인지도 물었다. 또한 한국에서 판매돼 국외의 귀환탑승에 관련된 수입과 대응되는 비용은 국내지점의 소득계산상 제외되나, 이때 수입과 경비의 본점과 지점 배분 분리 시 본점부분에 대한 경비는 자기사업과 관련 없다고 보아 본점 배부 시에 계산된 경비에 대한 부가가치세는 불공제대상인지를 물었다.

국세청은 간략하게 답변했다. 국내사업장이 있는 상호면세국의 외국법인이 제공하는 외국항행용역에 대해서는 「부가가치세법」 법령에 의해 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 것에 한해 부가가치세 영세율을 적용하는 것이며, 당해 과세사업과 관련된 매입세액은 「부가가치세법」 법령에 따라 공제여부를 결정한다는 것이다(부가46015-1104, 1993.7.2.).
 
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