여행사가 항공사의 항공권을 위탁판매하거나 서비스요금을 받고 판매할 경우, 여행사가 손님에게 받은 금액과 항공사에 송금한 금액과의 차이는 여행사의 매출이다. 그러나 손실이 난 경우는 비용으로 처리하며 매출에서 차감하지 않는다.

예를 들어 여행사가 항공사의 판매가액보다 비싸게 판매할 때 차액인 할증 판매차액은 여행사의 매출에 해당돼 부가가치세 신고를 해야 한다. 즉 항공사에 입금하고 남은 할증료 중 0.1/1.1에 해당하는 금액을 부가가치세로서 납부해야 한다(부가 46015-405, 1998.3. 6.).

부가 46015-405, 1998. 3. 6.
질의 : 여행사인 당사는 여러 항공사의 항공권을 판매해 주고 판매금액의 9%의 수수료를 항공사로부터 받아 부가가치세과세표준에 포함해 신고하고, 법인세과세표준 신고 시 수입금액으로 신고하고 있다. 항공사로부터 항공권마다 판매가격의 하한 가격을 받지만 하한 가격보다 높은 가격으로 판매하는 경우도 있다. 이 경우 당사는 하한 가격과의 차액은 송금하지 않고 당사의 수입으로 하고 있다. 이러한 수입은 당사가 항공권을 구입한 고객에게 용역을 공급하고 받는 수수료가 아니므로 부가가치세과세표준에 포함하지 않는 것이 타당하다고 봄. 항공권을 구입한 고객은 항공사로부터 항공기 탑승용역을 제공받는 것이지 여행사로부터 받는 것이 아니기 때문이다.
회신 : (참조예규): 부가 46015-1811, 1997. 8. 7.

위와 같은 경우 사업자의 부가가치세과세표준은 항공사로부터 받기로 한 대가일 것이다. 따라서 최저 가격보다 높은 가격을 받아서 최저가액과의 차액을 당해 사업자의 수수료로 영수하고, 항공사에는 최저가격 상당액만을 지급할 때는 동 차액을 부가가치세과세표준에서 제외하지 않는다.
항공사에 지급할 금액이 100만원인 항공권을 111만원에 판매한 경우는 다음과 같다. 수수료(9%) 또한 매출이다. 

(차) 현금예금 1,110,000 (대) (항공권)수탁판매대금 1,000,000
항공권판매수수료 100,000 부가가치세예수금 10,000
물항공사로부터 받는 수수료는 별도로 수입으로 기록하면 된다. 
(차) (항공권)수탁판매대금 1,000,000 (대) 현금예금 901,000
항공권판매수수료 90,000 부가가치세예수금 9,000
 
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