여행사는 고객 또는 거래업체의 항공권 구입 의뢰를 받아 국제선 항공권을 판매하고, 그 판매대금을 항공사에 지급한다. 여행사는 고객 또는 거래업체로부터 별도 수수료를 받거나 항공사로부터 약정에 따른 수수료를 받고, 그 수수료에 대한 세금계산서를 발행한다. 그러나 항공권 판매대금을 받은 항공사는 외국항행용역을 공급하는 경우라 세금계산서 발행의무가 면제된다. 따라서 항공용역에 대한 세금계산서를 고객에게 발행하지 않는다. 즉 항공사 등의 사업자가 항공기에 의해 외국항행용역을 공급할 경우 세금계산서교부의무가 면제된다(부가 46015-557, 1999.2.26., 부가 46015-395, 2000.2.19.). 

때문에 고객 또는 거래업체는 여행사에게 세금계산서 발행을 요구하는 사례가 있다. 이 경우 여행사는 관련된 세법조문을 제시해야 할 것이다. 「부가가치세법 기본통칙」32－59－5 규정을 보면 사업자가 위탁에 의해 재화를 공급할 경우 수탁자가 위탁자명의로 세금계산서를 교부해야 한다. “사업자가 위탁 또는 대리에 의해 재화를 공급할 경우 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급해야 한다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없다면 위탁자(본인)는 수탁자(대리인)에게, 수탁자(대리인)는 거래상대방에게 공급한 것으로 보아 세금계산서를 발급한다.” 즉 항공사를 대신해 여행사가 항공사의 이름으로 세금계산서를 발행해야 하는 것이다. 하지만 다행이 세금계산서 발행을 면제하고 있다.

관련 규정을 요약하면 “우리 여행사는 항공사의 항공권을 수탁판매 하므로「부가가치세법 기본통칙」32－59－5에 의해 위탁자인 항공사에서 세금계산서를 발행해야 하지만「부가가치세법시행령」제71조 제1항 제4호에서 항공사의 국제선 항공권에 대하여는 세금계산서 교부의무가 면제돼 손님은 여행사에서 발행하는 입금표와 항공권 사본을 증빙서류로 사용할 수 있다”라고 답할 수 있다. 그럼에도 손님이 항공권 판매대금에 대한 세금계산서 발행을 요구한다. 일부 여행사도 세금계산서를 발행하고 있는데 여행사에게 피해가 없으나 손님은 부가가치세신고 시 공제받은 부가가치세를 추징당할 수 있다. 물론 부가가치세법 상 총액기준에 해당할 경우 총액에 대해 세금계산서를 발행해야 한다.

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