1999년 세무서가 여행사를 세무조사하면서 부가가치세 매출세액에서 공제한 매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 매입세액이라 하여 불공제하고 추징한 사례다. 

해당여행사는 “외국여행사가 송출한 외국인 관광객에게 국내관광 서비스를 제공할 때 사전에 약정한 관광조건이나 형태에 따라 관광 시 필요한 모든 비용을 여행사의 책임 하에 지출한다”며 “수입수수료에 대한 사전약정이 없을 뿐더러 외국인 관광객의 여행경비와 알선수수료를 구분하지 않은 전체금액을 외화로 송금 받아 이를 외국환은행으로부터 원화로 지급받는다”고 설명했다. 이어서 “외국여행사로부터 송금된 전체금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 신고하고 있다”며 “외국인 관광객의 여행경비 지급 시 거래징수 된 부가가치세 매입세액은 사업과 직접 관련된 매입세액”이라고 주장했다.

그러나 관할 세무서는 해당여행사의 계약서 내용상 외국여행사로부터 여행상품에 대해 수탁을 받아 외국여행사가 송금해 준 금액으로 관광객의 여행경비를 대신 지급하고 수수료만을 수입으로 하고 있다며, 여행알선수입에 직접적인 관련이 없는 운송, 숙박, 식사 등에 따른 매입세액을 불공제하여 추징했다.

해당 여행사는 국세청에 심사청구를 했다. 국세청은 “「관광진흥법」에 따른 여행업을 영위하는 사업자의 과세표준은 여행알선용역을 제공하고 받는 수수료이므로 해당 여행알선용역의 공급에 직접 관련되지 않는 것에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다(부가가치세법 기본통칙 39-0-1)”는 기본통칙을 제시했다. 

당시 일반여행업 협회의 여행표준약관 제3장 외국인의 국내여행에 관한 업무 제41조에 의하면 “관광여행요금은 여행객의 숙박비, 식사비, 교통비, 입장료 등 여행에 필수적인 경비와 여행알선수수료 등을 포함한 금액을 말하며, 이 요금은 일정표 및 여행조건에 의해 산출되는 것을 원칙으로 한다”고 되어있으므로 외국여행사로부터 송금 받은 관광여행요금 중 여행경비는 여행알선업자에게 귀속되지 않는 사실상의 수탁경비에 해당한다고 보았다. 결국 외국인 관광객의 여행경비를 여행사의 책임과 계산 하에 지급한다고 하여, 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수는 없다고 판단했다(심사부가99-250, 1999.5.21.). 그러나 알선수수료와 수탁경비를 구분하지 않으면 총액을 매출로 본다는 심판과 판례와 상충하는 결정이다.