일반여행업의 여행경비가 매입세액의 공제대상이 아니라는 결정이 2000년에 났지만 3년 뒤 다른 취지의 결정이 나왔다. 2003년 4월24일의 심판결정이다(국심 2003서535, 2003.4.24.).

여행업을 영위하는 사업자가 외국여행사로부터 여행경비와 알선수수료를 구분하지 않은 총액으로 여행대금을 수령했다. 이에 따라 여행사는 그 총액을 기준으로 매출액을 계산하고 외국인관광객의 여행경비지급에 따른 부가가치세매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세과세표준 및 세액을 신고납부 했다. 관할 세무서는 여행경비지급에 따른 매입세액(숙박비, 운송비, 식대)을 사업과 관련 없는 것으로 보고 매입세액불공제하여 부가가치세를 추징했다.

여행업의 운영은 여행알선용역제공과 여행상품 판매 모두가 혼합되어 있지만 관할 세무서는 오로지 여행알선용역만을 제공하고 그에 따른 수수료를 받는 사업으로 축소 해석했다. 이는 여행업의 실체를 무시한 법적용으로 실질과세원칙에 위배된다고 여행사는 주장했다. 또 외국여행사가 모집한 관광객에 대한 국내행사는 국내 여행사의 책임 하에 집행하도록 계약서에 되어있다. 그럼에도 관할 세무서는 외국관광객의 여행경비를 국내여행사가 외국여행사로부터 받은 수탁경비로 보고, 국내여행사는 여행수수료만을 수입으로 지급받아 외국여행사를 대신해 여행경비를 지출한 것으로 판단해 매입세액불공제하여 과세한 처분은 부당하다고 주장했다.

관할 세무서는 “여행업을 영위하는 사업자의 과세표준은 여행알선용역을 제공하고 받는 수수료”라며 “여행알선용역의 공급에 직접 관련이 없는 운송, 숙박 등에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다”라고 주장했다. 「관광진흥법」은 여행업을 여행자 또는 운송·숙박시설 기타 여행에 부수되는 시설의 경영자 등을 위하여 당해 시설이용의 알선이나 계약체결의 대리, 여행에 관한 안내, 기타 여행의 편의를 제공하는 업이라고 규정했으며, 「부가가치세법시행령」에서「관광진흥법」에 의한 일반여행업자가 외국인관광객에게 공급하는 관광알선용역에 대해서는 영세율이 적용되는 것으로 규정하고 있는바, 외국여행사로부터 수탁 받은 경비(숙박·운송·식대)는 당해 법인의 사업과 관련이 없는 비용(수탁경비)이므로 매입세액불공제하여 과세한 처분은 정당하다고 주장했다.