외국항공사의 총괄영업대리점계약(GSA계약)을 체결한 항공사대리점은 부가가치세 공제문제를 유의해야 한다. 총괄영업대리점이 해외노선 항공편 탑승권을 외국항공사로부터 일괄 매수해 국내여행사를 통해 일반소비자에게 판매하는 법인인 경우가 그 사례다. 이런 대리점의 외국항공사 탑승권 판매금액은 사실 부가가치세의 과세대상이 아니다. 그러나 일부 항공사대리점이 항공권 매출을 영세율 매출로 신고한다. 물론 부가가치세 납세의무가 없으니 문제가 없어 보인다. 하지만 국내 여행사로부터 제공받은 판매대행용역에 대해 판매수수료를 지급하고 발행한 세금계산의 관련 매입세액을 공제해 부가가치세를 신고하는 경우 문제가 된다.

실제로 국세청은 이들 회사에 대한 법인제세 통합조사를 실시해 외국항공사 탑승권 판매금액은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 것으로 보아 매입세액을 불공제해 세금을 추징했고 해당 회사는 심판청구를 제기했다.

회사는 “회사의 GSA계약 체결에 따른 외국항공기의 탑승권 판매는 「부가가치세법」상 외국항행용역에 해당돼 영세율이 적용된다”며 “항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대해서는 영세율을 적용하는데, 외국항행용역은 항공기에 의해 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말한다”라고 설명했다. 또한 “「부가가치세법 시행령」은 다른 외국항행사업자가 운용하는 항공기의 탑승권을 판매하거나 화물운송계약을 체결하는 것을 포함한다고 규정하고 있다”며 “이런 외국항행용역의 경우 국내운송과 국외운송이 혼재돼 있는 관계로 국내운송과 국외운송을 획일적으로 구별할 수가 없어 모두 외국항행용역으로 보아 영세율을 적용하는 것이며, 외국항행용역을 제공하는 사업자가 당해 용역을 제공하고 받는 대가가 외화 또는 원화에 관계없이 영세율이 적용된다”라고 주장했다. 

국세청은 외국항공사와 GSA계약을 체결한 총판대리점이란 사실을 간과하고 있다. 즉 회사는 GSA계약에 따라 총판대리점 역할을 했으며 이러한 총판대리점은 1국 GSA계약 원칙에 따라 국내에서 오로지 한 회사만이 가능하며 관계기관의 허가를 얻도록 하고 있는바, 결국 회사는 외국 항공사의 총판대리회사로서 「부가가치세법」상 외국항행사업자의 지위에 있다.

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