한 여행사가 서울 시내 관광객에게 광화문을 기점으로 4대문 궁궐, 도심명소, 쇼핑타운 등 정해진 코스를 순환 운행하는 셔틀버스를 제공했다. 이를 부가가치세가 면제되는 매출로 했다.

이 여행사는 이러한 셔틀버스는 시내버스가 속해 있는 노선 여객자동차운송사업 중 시내버스운송 사업에 해당하고, 여행사가 받은 한정면허는 정해진 코스를 운행하기 위한 것이며, 시내버스와 유사한 정기노선을 가지고 있어 면세라고 생각했다. 물론 일반대중의 출퇴근 수단은 아니지만, 시내 관광을 위한 일종의 교통수단이고, 외국인뿐만 아니라 내국인 등 일반대중이 이용하고 있는 시내순환버스로 시내버스와 다를 바가 없다는 생각이었다, 또한 관광객을 주요 고객으로 하고 한정된 노선을 운영하고 있는 바, 같은 한정면허인 공항버스 등과의 형평성 차원에서도 부가가치세가 면제되어야 한다는 입장이다. 

버스 이용요금도 시내버스요금 규제와 같은 방식으로 조례로 규제를 받고 있고, 1일 정액권으로 5~10회 탈 수 있어 1회 탑승요금 기준으로 보면 시내버스와 비슷하다. 또한 자동차에 의한 여객운송 용역의 범위에 해당 용역이 포함되지 않는다는 주장이다. 또한 이 여행사는 여행알선업과 투어버스를 겸영하는 사업자로, 여행알선은 과세로 투어버스는 면세로 신청해 사업자등록증을 교부받았다. 이후 투어버스는 면세로 성실하게 신고했다.

그러나 관할 세무서는 부가가치세를 추징했다. 여행사는 관할 세무서가 면세로 사업자등록증을 교부했음에도 부가가치세를 추징하는 것은 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 위법이라는 입장이다. 면세로 사업자등록을 해줬으므로 부가가치세 납부에 대한 책임이 없고, 가산세 부과 처분도 부당하다는 것이다.

관할세무서는 다음과 같은 사유로 면세가 아니라고 보았다. 투어운송 용역을 제공하기 위해 이용하는 버스에는 외국인관광객을 위한 관광안내 등의 장치가 있고, 구조변경 등을 통해 관광에 적합한 시설을 갖추고 있는 바, 이는 대중교통수단으로서의 교통편의 제공이 아닌 관광목적의 투어버스에 해당한다. 비록 투어버스가 노선 여객자동차운송 사업이지만 관광지를 기점 또는 종점으로 하여 관광의 편의를 제공하기 위한 한정면허로, 대중교통 체계 운송수단으로서의 노선 여객자동차운송 사업으로는 볼 수 없다.