여행사에 대한 조세지원은 별로 없다. 특히 법인세에 대하여 특별히 여행사를 지원하기 위한 감면은 없다. 외국인 관광에 대한 부가가치세의 영세율 적용이 있지만 조건도 까다롭다. 특히 은행거래를 하기 어려운 일부 국가들과의 거래는 영세율을 적용받기도 어렵다.

여행사에 대한 법인세나 소득세 감면을 받을 수 있는 것으로는 특별세액감면이라는 제도가 있다. 이는 여러 가지 업종에 적용되는 것으로 여행사도 포함되는 감면제도다.

여행사의 경우 2017년까지 중소기업 개인사업자는 종합소득세 또는 법인은 법인세를 감면해준다. 감면은 규모가 작은 수록 많이 해주어 소기업인 경우 수도권 안의 소기업은 20%, 수도권 밖 소기업은 30%를 해주고, 중기업의 경우는 수도권 밖 중기업은 15%를 감면한다. 법인의 경우 수도권  소재 여부는 본점소재지를 기준으로 한다(조세특례제한법 제7조 제1항, 조세특례제한법시행령 제6조 제6항). 본점이 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 본다(조세특례제한법 제7조 제1항 단서).

여행사의 경우 소기업의 범위는 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말하며 현재 매출 30억 원 이하로 정하고 있다(조세특례제한법시행령 제6조 제5항). 여행사의 경우 중소기업은 매출이 600억원 이하여야 한다.

결국 매출이 30억원이 넘는 중기업은 수도권 안에 본점을 가지고 있는 경우 감면을 받지 못한다. 수도권 밖에 본점이 있어야 15%를 감면해 준다. 여행사의 성격 상 수도권 밖에서 운영하는 것은 어려우며 지역 여행사만 해당이 된다. 여행사 중 매출이 30억원 이하의 소기업인 경우 수도권에서 있는 경우 20%의 법인세 감면을 받는다. 수도권 밖에 있는 경우에는 30%의 감면을 받을 수 있다. 대부분의 여행사가 수도권 안에 있고 매출 30억원 이하이므로 20%가 적용될 것이다.

물론 여행사는 다른 감면제도를 이용할 수 있다. 「조세특례제한법」 제5조 중소기업 투자세액공제, 「조세특례제한법」 제5조의 2에 의한 정보화사업 투자 감면, 「조세특례제한법」 제10조에 의한 연구 인력 개발비 세액공제, 「조세특례제한법」 제11조에 의한 연구 시설 투자 감면 등 다양한 감면이 있다. 그러나 여행사에 적용될 수 있는 부분은 제한적이다.

사실 여행사의 감면제도도 중요하지만 매출을 순액으로 할 것인지 총액으로 할 것인지의 문제, 매입세액 공제의 문제, 영세율 적용의 문제 등이 더 절박한 문제이다.