전담여행사 지정 취소는 행정제재 공문 발송일 3주후부터 발생한다(지침 제11조 제4항). 지정취소 된 전담여행사와 그 대표자, 사내이사 및 관리책임자는 취소 후 만 2년 이내에 전담여행사 업무를 하여서는 아니 된다. 단, 최근 1년간 유치실적이 100명 미만인 경우와 6개월 이상 휴업을 하는 경우(제11조 3항 4호 내지 5호)의 사유로 지정 취소된 경우에는 적용하지 아니한다(지침 제9조 제6항). 결국 지정이 취소되면 2년 동안은 사실상 전담여행사를 할 수가 없다. 그러나 지정 취소와 관련하여 법원은 문제가 있다는 판결을 내렸다.

서울행정법원은 2016년 7월 29일 문화체육관광부가 중국 전담여행사를 지정하도록 한 내부 지침은 법적 근거가 없는 만큼 이를 토대로 한 전담여행사 지정 취소는 위법이라고 판결했다. 내부 지침 등 행정규칙 정도가 아니라 법률에 따라 명확한 근거를 두고 운영해야 한다는 취지다. 문화부로부터 지정 취소된 해당 여행사는 문화부가 법령상 근거 없이 직업의 자유를 침해했다며 소송을 냈다. 재판부는 문화부의 지침은 헌법상의 법률유보 원칙, 즉 행정작용에는 국회가 제정한 법률의 근거가 필요하다는 원칙에 위배돼 효력이 없다면서 여행사의 청구를 받아들였다. 재판부는 “지침이 처음 제정될 때는 중국 관광객을 상대로 한 여행업 시장이 거의 존재하지 않다시피 한 상황이었지만 지금은 중국 단체 관광객이 국내 여행업 시장에서 차지하는 비중이 상당히 커졌다. 따라서 전담여행사 지정제도는 더 이상 내부 행정 규칙에 맡겨둘 게 아니라 국회가 제정한 법률에 근거해 운영돼야 한다”고 지적했다.

그러나 1심 판결이기 때문에 고등법원과 대법원의 판결을 기다려봐야 한다. 1심 법원의 판결은 합리적이지만 기존의 행정작용이 무효가 되면 혼란이 올 것이다.

문화체육관광부장관은 기 지정된 전담여행사에 대해 관광객 유치실적, 재정건전성, 법 제도 준수, 관광산업 발전 기여도, 행정처분 기록 등을 고려하여 2년에 1회 재심사를 통해 전담여행사로서의 자격을 부여한다(지침 제3조의2). 이러한 재심사를 통하여 문제가 되면 지정이 취소되기도 한다. 물론 특례조항도 있다. 문화체육관광부장관은 전담여행사를 대상으로 유치 건전성, 법 제도 준수, 테마 및 지방 연계 상품 유치실적, 수익에 대한 합리성 등을 매년 1회 심사를 통해 우수 전담여행사를 선정하고 1년 단위로 갱신 심사를 면제한다(지침 제14조 제1항).