여행사의 매출은 알선수수료로 순액만을 매출로 하는 경우와 전체 받은 금액을 매출로 보는 경우로 나누어진다. 즉 알선수수료로 항공권의 판매, 관광 상품의 판매로 인해 여행사가 수탁 받은 원가를 받아 지급하고 실제로 획득하는 순수입인 판매수수료로 하는 방법과 고객으로부터 받는 총액을 매출로 하는 방법이 있다. 전자는 항공권 판매의 경우에는 항공사로부터 받는 수수료, 관광 상품 판매의 수입은 판매금액에서 수탁 원가를 차감한 금액이 여행사의 매출이 된다. 후자는 손님으로부터 받는 총액이 여행사의 매출이 되는 경우다. 전자의 경우 항공권 판매의 경우 판매금액은 항공사에 지급할 채무이며, 관광 상품 판매의 경우에 여행사 수수료를 제외한 금액은 이용할 호텔, 관광버스회사, 식당 등에 지급할 채무가 된다.

알선수수료를 매출로 하는 경우 유의할 점이 있다. 여행사가 호텔, 관광버스, 식당 등을 소유하고 운영하는 경우 손님에게 받은 금액 중 호텔, 전세버스, 식당 등의 비용은 별도로 매출로 신고하고 그 금액을 제외한 금액만 알선수수료로 정산해야 하는 것이다. 이에 대해 2000년 국세청의 해석이 있다. 그 질의 내용은 다음과 같다. “여행업을 운영하는 관광사업자와 관광을 위해 계약하는 경우에 있어서 여행자를 위해 운송(차량)을 직접 공여 또는 알선하거나 숙박시설의 알선을 주 업무로 하고 알선수수료 외에 용역비(항공료, 버스료, 숙박료, 식대, 입장료, 안내 비, 차량전세 요금 등) 등을 여행자로부터 영수하는 경우 여행업자의 부가가치세과세표준 계산방법에 대해 질의함. 〈갑설〉 여행자로부터 영수하는 용역비 및 알선수수료 등 모든 경비를 포함해 과세표준으로 부과해야 함. 〈을설〉 여행자로부터 영수하는 경비 중 용역비를 제외한 운송을 직접 공여해 발생하는 경비와 알선수수료 등 여행업체에 직접적인 수입에 대해 과세표준으로 부과해야 함.” 이에 대해 국세청의 회신은 다음과 같다. “여행업을 영위하는 사업자의 과세표준은 여행알선용역을 제공하고 받는 수수료이며, 이때 부가가치세가 과세되는 여객운송용역을 함께 제공하는 경우에 당해 대가는 과세표준에 포함하는 것이나, 당해 사업자가 여객운송용역을 제공한 것인지 아니면 단순히 여객운송사업자를 알선한 것인지 여부는 사실판단에 관한 사항임(부가46015-3909, 2000.11.28.).”
 
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