여행사가 항공권만 판매하는 경우 여행사의 매출은 수수료만으로 본다. 여행사와 항공사와 판매대리 계약은 대부분 천재지변으로 인해 항공에 문제가 생길 경우 쌍방에 책임이 없는 것으로 하며, 항공사측의 잘못으로 인한 부분은 여행사가 책임지지 아니하기로 약정한다. 이러한 경우에는 기획여행용역을 제공하였다기보다는 항공권 발급만을 대행하여 달라는 위탁을 받아 그에 따른 용역을 제공한 것에 불과하다고 보아 수수료만을 매출로 본다고 판결했다(고법2007누25277 2008.5.15.). 이 판결은 대법원에서 원안대로 확정됐다(2008두8864, 2008.8.21.).

그러나 그렇게 단순한 것만 아니다. 항공사는 여행사에게 수수료를 주지 않고 대신에 위탁판매방식으로 계약하지 않고 일종의 도급판매 형태로 거래하는 방식인 경우에는 아주 다른 회계처리의 문제가 있다. 즉 여행사는 항공사의 항공권을 매입하여 거기에 일정한 마진을 붙여 판매하는 것이다. 주의할 것은 여행사가 항공사로부터 항공권을 매입한다는 것은 항공권이 팔리지 않을 경우 여행사가 그 손실을 부담하는 ‘확정된’ 구매를 하는 경우를 말한다. 단지 ‘블록’의 경우에는 이에 해당하지 않는다. 블록으로 확보하는 경우에는 판매되지 않더라도 여행하가 책임지지 않기 때문이다.

여행사가 여행사의 부담과 위험으로 항공권을 구매하여 판매하는 거래에 대하여 국세청은 부가가치세가 과세되지 않는 것으로 해석하고 있다. 즉 항공기의 외국항행용역을 제공하는 사업자인 항공사로부터 항공권을 구매하여 자기의 책임과 계산 하에 판매하는 경우에 있어서 당해 항공권은 부가가치세과세 대상에 해당하지 아니한다(서삼 46015－11925, 2002.11.9.). 

이는 「부가가치세법」 제1조 제1항에서 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하나 항공권 자체는 재화나 용역으로 볼 수가 없기 때문이다. 따라서 여행사가 항공사로부터 항공권을 구매하여 일정한 마진을 붙여 판매하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이다. 자기의 책임 하에 판매하는 경우에만 인정하는 것이기 때문에 팔지 못한 항공권에 대한 손실은 여행사가 부담하여야 하는 조건인 경우에만 해당된다. 이러한 항공권을 자기책임과 계산 하에 판매하는 것인지 또는 항공권 판매의 주선·중개용역을 제공하는 것인지의 여부는 실질계약관계 등을 고려하여 판단할 것이다(서삼 46015－12196, 2002.12.18.).