항공권 판매를 대행하는 여행사가 항공사 또는 여행사에서 정한 일정률의 수수료를 지급받기로 항공권판매 대행계약을 체결하고 약정한 가격보다 항공권을 할인 판매한 경우 당해 할인금액을 판매대행 수수료에 대한 부가가치세과세표준에서 공제하지 아니한다. 결국 할인 판매로 인한 손실은 판매비와 일반관리비로 처리하는 것이다.

그러나 할증판매 하는 경우에는 항공사에의 송금액과의 차이는 부가가치세를 내야한다(서면3팀-2447, 2004.12.3.). 즉 항공사가 정한 판매단가보다 더 비싼 가격에 판매하는 경우 차액에 대하여는 부가가치세를 내야한다. 

【제목】 항공권 대행 판매업자가 계약에 따라 일정수수료를 지급받고 약정가격보다 항공권을 저가로 판매하는 경우 할인금액을 판매대행수수료에 대한 부가가치세과세표준에서 공제하지 아니하는 것임

【질의】  여행사가 항공사와 계약에 의하여 항공권 판매를 대행하는 때로서, 여행사가 항공권을 당초 정한 가격보다 할인하여 판매하는 경우 항공사가 여행사에게 지급하기로 약정한 판매대행수수료에 대하여 할인금액을 차감한 금액이 부가가치세법상 과세표준에 해당하는지.

【회신】  1. 항공권 판매를 대행하는 사업자가 항공사에서 정한 일정률의 수수료를 지급받기로 항공권판매대행계약을 체결하고 당해 사업자가 약정한 가격보다 항공권을 할인 판매한 경우 당해 할인금액을 판매대행 수수료에 대한 부가가치세과세표준에서 공제하지 아니하는 것임.

2. 위와 관련한 관계법령과 관련사례(부가46015-1811, 1997.8.7.) 참고.
참고예규: 부가46015-1811(1997.8.7.)

항공권 판매를 대행하는 사업자가 당해 항공사로부터 항공권의 최저판매가격을 지정받아 판매하고 판매금액의 일정률에 해당하는 금액을 수수료로 지급받기로 항공사와 약정을 한 경우 당해 사업자의 부가가치세과세표준은 받기로 한 대가가 되는 것이며, 이 경우 최저가격보다 높은 가격을 받아서 최저가액과의 차액을 당해 사업자의 수수료로 영수하고 항공사에는 최저가격상당액만을 지급할 때에는 동 차액을 부가가치세과세표준에서 제외하지 아니하는 것임.
결국 부가가치세신고서상의 매출과 장부상의 매출은 차이가 나며 이는 법인세신고 시 조정하면 된다.