여러 지점을 둔 중대형 여행사는 본사에서 각 항공사와 항공권판매계약을 체결한다. 본점 및 각 지점에서 항공권을 판매하고 항공권판매수수료를 본사가 직접 항공사로부터 받거나 본점과 지점에서 각각 고객으로부터 서비스 요금을 포함해 받는다. 

항공권판매수수료를 본사가 직접 항공사로부터 받는 경우, 지점에서 판매한 항공권에 대한 세금계산서 수수에 대해 의문이 발생한다. 본사가 항공사와 판매계약을 했으므로 본사는 항공사에 세금계산서를 발행하고 지사는 본사를 위해 항공권을 판매했으므로 지사는 본사에 세금계산서를 발행해야 한다는 의견이 있다. 다음은 본사는 항공사에 세금계산서를 발행하고, 지사와 본사는 세금계산서 수수를 하지 않아야 한다는 주장이다. 마지막으로 지사에서 항공권판매용역을 제공했으므로 지사에서 항공사에 세금계산서를 발행해야 하며 본사와 지사 간에는 세금계산서를 발행하지 않는다는 것이다.

국세청은 항공권을 판매하는 본사에서 항공사로 세금계산서를 교부하고 본사에서 지점에 판매수수료를 지급하는 경우 동 지급수수료에 대해 세금계산서를 교부하지 않는다고 해석했다. 물론 본점과 지점 간 회계처리는 일반적으로 공정타당하다고 인정되는 기업회계기준 및 회계 관습에 따라 처리하면 된다(부가 46015-405, 1998.3.6.). 1991년도에도 같았다. “여행알선업을 영위하는 법인사업자가 본사에서 항공권 판매 계약을 체결하고 항공권은 지점에서 고객에게 판매하는 경우, 항공사로부터 받는 수수료에 대해 본사명의로 세금계산서를 교부해야 하는 것이다. 또한 여행알선업자의 본사에서 지점에 판매수수료를 지급할 경우 동 지급수수료에 대한 본점지점 간 회계처리는 일반적으로 공정타당하다고 인정되는 기업회계기준 및 회계 관습에 따라 처리하는 것임(부가 22601-645, 1991.5.24.).”

기업회계기준 및 회계 관습에 따라 처리한다는 것은 통상 본지점 회계를 말한다. 지점은 회계 상 독립적인 사업부로 운영돼 수입과 지출, 자산과 부채를 하나의 회사인 것처럼 운영하는 경우가 있다. 이런 경우 지점에서 발생한 매출은 설령 세금계산서를 발행하지 않더라도 지점의 매출로 회계처리 하는 것이 인정된다. 그러나 독립적인 지점으로 운영하지 않는 경우는 본점의 매출로 회계처리 해도 된다.

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