여행사는 국내외항공사와의 계약에 의거 항공권을 판매하고 일정율의 판매수수료를 받는 항공권판매대행회사의 역할을 했다. 여행사는 정상 판매가격의 9% 상당을 수수료로 받기로 계약하고, 대금은 수수료상당액을 차감한 잔액을 항공사에 송금한다. 즉 항공사에서 정상 판매가(54만9,000원)를 책정하면 여행사의 수수료상당액인 정상 판매가의 9.9%(부가세 포함, 5만4,340원)을 차감한 금액(NET가격)인 49만4,660원을 송금한다. 동 수수료는 항공권을 정상 판매가로 판매하는 경우를 가정해 9%(100원 미만은 절사) 상당액으로 계산한 것이다. 

그러나 여행사는 경쟁이 치열하다보니 정상 판매가로 판매하지 않고, NET가격 사이에서 적당한 금액으로 판매했다. 예를 들어 54만9,000원에서 4만9,000원을 할인해 50만원에 판매한다. 그런데 문제는 당시 여행사는 실제 판매가를 기준으로 하는 것이 아니라 정상 판매가인 54만9,000원의 9%인 5만4,340원을 기준으로 4만9,400원에 대하여 세금계산서를 발행하고 4,940원의 부가세를 납부해야 했다. 실제로 여행사의 마진은 마이너스다. 여행사로서는 예시 1과 같이 회계처리 할 수 밖에 없다. 예시 2처럼 할 수도 있다.

그렇지만 국세청은 “여행사는 항공권을 대행판매 후 대금결제 시 정상 판매가에서 일정수수료를 차감한 잔액(NET가격)을 지급할 경우 부가가치세과세표준은 정상 판매가에서 NET가격을 차감한 잔액을 판매수수료로 보아 세금계산서를 발행하는 것이며, 이에 대한 회계처리는 일반적으로 공정타당하다고 인정되는 회계기준에 따라 처리하는 것임(부가 46015-2912, 1999.9.20.)”이라고 밝혔다.
즉 수입수수료는 49,400원에 대해 세금계산서를 발행하여야 한다는 것이다. 따라서 예시 1이 맞다.

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