근로기준법은 근로시간과 휴게시간에 관한 제한을 두고 있다. 5인 이상 사업 또는 사업장에 대해 소정근로시간을 1일 8시간 이내, 1주 40시간 이내로 정한다. 이를 초과하면 연장근로시간에 해당하며 1주 최대 연장근로시간은 12시간이다. 근로시간이 4시간인 경우에는 30분, 8시간 이상인 경우에는 1시간 이상의 휴게시간을 근로시간 도중에 부여해야 한다.

근로기준법 제59조(근로시간 및 휴게시간의 특례)는 특례업종에 대해 1주 52시간을 초과해 근로시간을 늘리거나 휴게시간을 변경할 수 있도록 규정하고 있다. 특례를 적용하려면 특례업종에 해당할 뿐만 아니라, 근로자대표와의 서면 합의를 거쳐야 한다.

특례업종 해당 여부는 통계청 고시 한국표준산업분류표로 확인이 가능하다. 대상 업종은 ①육상운송 및 파이프라인 운송업(「여객자동차 운수사업법」 제3조제1항제1호에 따른 노선 여객자동차운송사업은 제외) ②수상운송업 ③항공운송업 ④기타 운송관련 서비스업 ⑤보건업이다. 5인 미만 사업 또는 사업장에 해당하는 경우에는 1주 연장근로시간을 12시간까지 제한하는 규정이나 위와 같은 특례는 적용되지 않는다.

하나의 사업에서 특례업종과 특례업종이 아닌 업종이 혼재돼 있는 경우, 특례업종 해당 여부가 문제될 수 있다. 이와 관련, 행정해석은 “특례 조항의 대상 사업에 해당하는지는 사업의 목적과 주된 사업영역이 무엇인지에 따라 주된 업종을 판단하되, 근로자의 직종별 분포, 사업 분야별 매출액 등을 종합적으로 고려해 근로시간 특례업종 해당여부를 판단해야 할 것”이라고 본다(근로개선정책과-2714, 2012. 5. 21.).

특례업종에 해당하는 사업의 경우, 전체 근로자가 담당 업무에 관계없이 특례 적용 대상이 될 수 있지만, 사용자와 근로자대표의 서면 합의에 따라 적용 대상을 달리 정할 수 있다. 예를 들어, 특례업종 종사자에 대해서만 특례를 적용하기로 하는 합의가 이루어질 수 있다.

특례 적용 시점의 소급 가능 여부와 관련, 행정해석은 “특례적용을 위한 근로자대표와의 서면합의는 특례제도 도입을 위한 절차적 필수요건인 바, 서면합의 효력은 노사 합의한 이후부터 발생하는 것으로 봐야 할 것(근로기준정책과-3842 2015. 8. 20.)”이라고 한다. 사용자와 근로자대표의 서면 합의가 있더라도 합의 전 시점으로 소급하여 적용할 수 없다. 

근로기준법 제59조 제2항은 “사용자는 근로일 종료 후 다음 근로일 개시 전까지 근로자에게 연속하여 11시간 이상의 휴식 시간을 줘야 한다”라고 규정한다. 근로일 종료 시점이 언제인지 상관없이 적용되는데, 예를 들어 특례가 도입된 사업장의 교대제 근로자가 오전 2시에 퇴근했다면, 같은 날 오후 1시까지 휴식시간이 부여돼야 한다.