기업회계의 매출과 부가가치세의 매출은 일반적으로 동일하지만 차이가 나는 경우도 있다. 마일리지도 이에 해당한다. 그러나 재화가 아니라 용역의 대가를 마일리지로 결제하는 경우에는 해당 마일리지 상당액을 공급가액에 포함하지 않는다(부가가치세법 집행기준 29-0-12 제1항). 

즉 마일리지로 적게 받은 금액은 부가가치세 신고 시 매출로 보지 않는다는 점이다. 따라서 여행사의 경우에는 마일리지에 해당하는 금액을 부가세 신고 시 매출에서 차감해야 한다. 장부상 매출과 차이가 나는 부분은 법인세 신고 시 그 차액을 설명하는 부분이 있으므로 그곳에 표시하면 된다.

공인회계사에 의한 회계감사를 받지 않는 법인은 두 가지 방법으로 회계처리 할 수 있다. 회계감사를 받지 않는 경우 기업회계와 무관하므로 세법상 세금만 정확하게 내면 된다. 마일리지를 차감한 금액으로 부가가치세를 신고해야 하는 것은 같다.
첫 번째 방법은 이 질문을 한 기업과 같이 처리하는 것이다.

▲고객이 항공료 입금
(차) 예금 45만원 (대) 항공 수탁금 45만원
▲항공사 미지급금 처리
(BSP 정산을 위해)
(차) 항공 수탁금 45만원 (대) 항공권 미지급금 50만원
매출에누리 5만원
▲항공권BSP 정산 
(차) 항공 미지급금 50만원 (대) 예금 47만2,500원
항공수수료 2만5,000원
부가세예수금 2,500원
 
여기서 매출은 2만5,000원이지만 부가가치세 신고 시 매출은 0이다. 즉 2만5,000원에서 5만원을 빼면 마이너스이지만 마이너스 매출은 인정하지 않기 때문이다.

두 번째 방법은 매출을 부가가치세 신고 매출과 일치시키는 방법이다.
▲고객이 항공료 입금
(차) 예금 45만원 (대) 항공수탁금 45만원
▲항공사 미지급금 처리
(BSP 정산을 위해)
(차) 항공 수탁금 45만원 (대) 
항공권 미지급금 50만원
항공수수료 2만5,000원
항공권 판매 손실 2만5,000원
▲항공권BSP 정산 
(차)항공 미지급금 50만원 (대)예금 47만2,500원
항공 수수료 2만5,000원
부가세 예수금 2,500원
 
참고로 세무문제는 늘 예외적인 문제가 있으므로 전문가와 협의하여 좀 더 면밀히 검토하기를 바란다.
 
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