국내 여행사의 질의서에 대해 국세청은 “국내 여행사가 외국여행사가 모집한 외국인 관광객에게 국내관광서비스용역을 제공하고 그 대가를 외국여행사로부터 외국환은행을 통하여 원화로 지급받는 경우, 영세율이 적용되는 것”이라며 “이 경우 부가가치세 과세표준은 계약의 실질내용에 따라 계산하는 것으로 당해 용역의 대가가 용역대행수수료와 기타의 용역대가로 구분이 되지 않는다면 당해 용역 대가 전액이 되는 것”이라고 회신했다. 

이어서 “여행사의 부가가치세 과세표준은 계약의 실질내용에 따라 계산하는 것이고, 회사의 경우 여행경비와 알선수수료가 실질적으로 구분 가능하므로 관광여행요금 전액이 외화로 입금되어 영세율과세표준으로 신고한다는 것과 외국인 관광객의 여행경비를 청구법인의 책임과 계산 하에 지급한다고 하여, 여행 관련 용역의 대가 지급 시 거래 징수된 부가가치세 매입세액을 매출세액으로 공제할 수는 없다”고 판단했다.

이에 대해 국세심판은 다음과 같은 판결을 내렸다. 국내 여행사는 외국여행사로부터 여행경비와 알선수수료를 구분하지 않은 총액으로 여행대금을 지급받아 회사의 책임과 계산으로 여행경비를 지출했기 때문에 여행대금 전액이 부가가치세 과세표준이 되고, 외국인 관광객의 여행경비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장했다. 국내 여행사는 외국여행사가 주관하는 여행행사에 참가한 외국인관광객이 숙박, 운송 등 여행서비스를 제공받는 것이 가능하도록 외국여행사를 대리, 대행하는 지위에서 여행조건서에 명시된 외국인관광객의 여행일정, 숙박시설, 식사내용 등을 이행한다. 

즉, 외국여행사로부터 지급받은 여행대금 중 여행조건서의 내용을 토대로 지출해야 할 여행경비에 해당되는 부분은 회사의 책임과 계산으로 지출하는 것이 아니라 여행조건서에 의해 결정된 여행경비를 외국여행사를 대행하여 지출하는 데 불과해 수탁경비에 해당되고, 회사는 외국인관광객의 국내관광이 가능하도록 여행알선용역을 제공해 그 알선수수료를 지급받는다고 할 것이다. 따라서 국내 여행사는 여행알선용역을 제공한 것이므로 매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 것으로 보아 이를 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다(국심 1999서1091, 2000.3.15.).