A여행사가 여행상품을 판매하면서 여행상품으로 인해 발생한 손실금액(이하 여행알선 손실)과 일반적인 여행알선수수료 및 항공권판매알선수수료 등을 가감한 금액을 매출로 인식해 부가가치세를 신고했다. 관할 세무서는 A여행사에 대해 세무조사를 실시했으며, 여행알선 손실을 매출에서 차감하는 것을 인정하지 않고 부가가치세를 추징했다. 이에 대해 여행사는 심판청구를 했다.

심판청구를 한 A여행사는 고객에 대한 항공권판매알선수수료와 여행알선수수료는 하나의 거래단위로 봤다. 따라서 특정 고객에게 여행상품 판매 시 손실이 발생한 경우, 항공권판매알선수수료와 여행상품 손실분을 상계한 뒤 순익부분만 부가가치세를 신고해야 한다는 입장이다. 즉 여행상품은 여행을 하면서 필요한 여러 가지 요소들이 결합된 하나의 상품으로 여행객으로부터 발생한 손익과 항공회사로부터 수취한 수익을 동시에 고려해서 여행상품의 전체적인 부가가치 증가분에 대해 부가가치세가 산정돼야 한다는 주장이다. 

결국 여행상품을 판매하고, 적자가 발생했음에도 항공권판매알선수수료와 상계하여 부가가치세과세표준을 산정하지 않았다. 또 여행알선수수료와 항공권판매알선수수료를 구분해 여행알선 손실은 매출을 “0”으로 본 다음 항공권판매알선수수료를 부가가치세과세표준으로 삼아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

그러나 관할 세무서의 입장은 반대다. 여행사는 여행객에게 판매하는 항공권에 대해 항공사 등으로부터 일정금액의 수수료를 지급받고 있으며, 이를 항공권판매알선수수료 수입금액으로 처리했다. 여행사는 여행객으로부터 지급받은 여행경비의 초과 비용을 부가가치세 과세표준에서 차감할 수 없고, 사업과 관련된 지출이기 때문에 영업비용으로 봐야함이 타당하다는 입장이다. 또한 여행업을 영위하는 업체가 알선수수료만을 부가가치세 과세표준과 법인세 등의 수입금액으로 인식하는 경우, 여행알선수수료란 여행객으로부터 받기로 구분해서 계약된 알선수수료다. 따라서 여행객 유치에 따른 영업비용이 과다하게 지출돼 손실이 발생하더라도 알선수수료가 없는 것이므로 이를 항공권판매알선수수료 등의 부가가치세 과세표준에서 차감하지 않고 과세한 처분은 정당하다는 입장이다.