이 여행사는 심판청구에서 동 금액을 손금으로 반영했다는 증빙으로 국내여행경비 계정별 원장을 제출했다. 또한 손익계산서도 제출해 판매비와 관리비 중 국내여행경비는 동일한 금액으로 기재됐다고 제시했다.

세무조사를 진행한 세무서는 여행사의 매입처인 호텔 세무조사 결과 무자료 매출과 매입누락 금액을 확인해 여행사에 해명을 요구했지만, 답변받지 못했고 세무대리인에게도 증빙자료를 받지 못했다. 여행사가 동 금액을 비용으로 반영했다는 사실을 입증하는 장부와 금융거래 자료 등을 제출한 사실이 없기 때문에 청구법인이 매출을 누락하지 않았다는 주장을 믿기 어려우므로 정당한 추징이라는 의견이다.

그러나 기업의 세금을 추징하려면 수익과 비용에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 세무서에 있다(대법원 2003.6.24. 선고 2001두7770 판결, 같은 뜻임). 세무서는 여행사가 해당 금액을 비용에서 누락했다는 것을 전제로 국세청장이 사업의 종류별로 규정한 부가가치율을 적용해 추계한 매출액을 매출에 가산해 세금을 추징했다. 세무서는 여행사의 누락 사실을 실제로 확인하지 않고 추징한 것이다.

여행사가 제출한 증빙에 따르면 동 금액을 비용으로 반영했다고 인정할 여지가 있다. 또 세무서는 매출을 누락했다는 사실을 입증할 증빙을 제시하지 못했다. 따라서 이러한 세금추징은 무리한 것으로 보인다. 이에 심판원은 세무조사를 다시 해 그 결과에 따라 재결정해야 한다고 판결 내렸다.

재조사는 회사입장에서 피곤한 일이다. 이번 심판을 보면서 느낀 점은 세무 조사시 적극적으로 해명해야 모든 일을 신속하게 마무리할 수 있다는 것이다.