여행사가 여행 알선 수수료와 여행객이 부담해야 하는 숙박비, 교통비, 식사비, 입장료 등을 구분 계약해 대가를 받는 경우 숙박비 등은 부가가치세과세표준에 포함하지 아니한다. 여행사의 과세표준은 여행 알선용역을 제공하고 받는 수수료다. 따라서 여행객의 숙박‧운송‧식사 등에 따른 매입세액은 세금계산서를 받더라도 매출세액에서 공제하지 아니한다(서면3팀-179, 2005.2.4.).

여행사의 매출은 수수료이고 고객이 부담하는 금액은 수탁 금액으로 매출과 관련이 없다는 말이다. 여행사가 객실 판매를 대행하고 발생하는 매출은 객실 판매로 인한 수수료다. 호텔에 송금하는 객실 원가는 여행사의 매출과는 관련이 없다. 호텔이 손님에게 판매한 것이므로 여행사에 세금계산서를 발행하면 안 된다.

하지만 특수한 사례가 있다. 항공사는 승객 중 ‘정규 통과여객’과 ‘비정상 운항’ 승객에게 호텔 숙박, 공항과 호텔 간의 이동, 식사, 기타 관광서비스를 제공한다. 정규 통과여객이란 여정 상 항공편 탑승을 위해 불가피하게 항공사의 비용으로 체류하게 되는 여객을 말하고, 비정상 운항은 항공편의 장시간 지연 및 결항으로 부득이하게 항공사의 비용으로 체류하는 여객을 말한다. 항공사는 이러한 서비스를 여행사에 의뢰하는 경우가 있다. 여행사는 호텔 등에 먼저 비용을 지급하고, 항공사는 나중에 발생 비용과 여행사 수수료를 정산해 지급한다. 체류 호텔 및 관광서비스, 식사 등은 항공사가 정하지만, 각 업체와의 계약은 여행사가 진행한다. 여행사는 항공사의 동의가 없는 경우 각 업체와 모든 요금에 대한 계약을 변경할 수 없으며, 계약상 업무대행과 관련해 발생한 법적 책임은 여행사가 부담한다. 이러한 서비스를 여행사가 자기책임 하에 제공하는 경우, 호텔 등은 여행사를 공급받는 자로 지정해 세금계산서를 작성 및 교부해야 하며, 해당 여행사는 항공사에 정산 금액과 대행 수수료의 합계 금액에 대한 세금계산서를 교부해야 한다(부가가치세과-956, 2009.3.10.).

쉽게 말해 여행사가 호텔 객실을 판매하고 여행사의 책임으로 숙박 용역을 제공하는 경우에는 호텔이 여행사에 세금계산서를 발행하고, 여행사는 고객에게 영수증을 발행해야 한다는 의미이다. 이에 해당하는 거래는 극히 예외적인 계약과 거래다. 여행사의 거래는 대부분 객실 판매를 대행하고 수수료를 받기 때문이다.