외국항공사 국내지점에 대한 부가가치세 해석은 1994년에 처음 나온 것으로 보인다. “국내사업장이 있는 상호면세국의 외국항공사 국내지점이 제공하는 외국항행용역에 대한 영세율 적용범위와 당해 항공사 국내지점이 국내여행사로부터 항공권 판매대행용역을 제공받고 부담한 매입세액을 공제받을 수 있는지요?”. 국세청의 답변은 간단하다. “국내사업장이 있는 상호면세국의 외국항공사 국내지점이 제공하는 외국항행용역은…영세율이 적용되는 것이며…이 경우 공제되는 매입세액은 당해 항공사 국내지점이 국내여행사로부터 항공권 판매대행용역을 제공받고 부담한 부가가치세 전액이 공제되는 것임(재무부부가46015-59, 1994.3.11.).

현행 「부가가치세법」 제23조 제1항을 보면 선박 또는 항공기의 외국항행용역에 대하여는 부가가치세 영세율이 적용한다고 규정하고 있다. 제2항을 보면 외국항행용역이란 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말한다. 항공사와 해상운수업이 이에 해당할 것이다.

대부분의 외국항공사는 국내지점을 두고 있다. 주의할 것은 국내지점과 판매 대리점 GSA를 구분하는 것이다. 지점으로 운영되는 경우와 전속대리점 또는 여러 대리점을 두고 영업을 하면서도 지점을 별도로 두고 있는 경우가 있다. 전자의 경우에는 국내지점이 판매한 외국항행용역에 해당하는 항공권 판매는 영세율이 적용된다. 그러나 판매 대리점을 두고 있는 경우에는 대리점은 외국항공사로부터 수수료를 받는데 이 수수료는 외국항행용역에 해당하지 않는다. 따라서 영세율 적용여부는 동 법에 의하여 판단하는 것이 아니다. 다만 외국항공사의 국내대리점 매출인 항공권 판매금액은 영세율이 적용됨은 같다.

매입세액에 대한 공제문제는 단순하다. 외국항공사의 국내대리점이 국내여행사를 통하여 항공권을 판매하고 판매수수료를 지급하는 경우에는 세금계산서를 받아야 하며 이는 당연히 매입세액 공제를 받을 수 있다. 외국항공사 판매 대리점도 마찬가지다. 그러나 별도의 판매수수료를 지급하지 않고 여행사가 손님으로부터 판매수수료를 받는 경우에는 항공사 국내지점이나 판매 대리점은 세금계산서 발행과는 관계가 없다.