여행사를 통해 여행을 가는 기업의 임직원이 지출한 경비 영수증 처리는 늘 어려운 문제점이 도사린다. 그래서 여행사와 기업 간의 분쟁도 많다. 

여행업의 매출이나 부가가치세 과세표준은 원칙적으로 관광객으로부터 받은 금액 전체가 된다. 즉 관광객으로부터 받은 알선수수료와 관광알선용역 공급에 필수적으로 부수하여 발생하는 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. 다만 그 관광이 알선에 해당되어 관광객으로부터 수탁 받아 지급되는 숙박비, 운송비, 고속도로비, 전화요금, 입장료 등의 경비는 매출이나 과세표준에 포함하지 아니하는 것이다(부가 46015-557, 1999.2.26.). 따라서 여행상품이 알선인지 아닌지를 어떻게 구분하느냐를 판단하여야 한다. 이 점에 대한 국세청의 입장은 간단하고 단호하다.

여행사가 여행객에게 여행의 목적지와 여행기간만을 제시하고 여행객으로부터 여행자가 부담하여야 할 비용의 종류별 금액과 여행알선수수료를 구분하지 아니하고 대가를 받는 경우에는 그 대가 전액이 매출 또는 부가가치세과세표준이 된다는 것이다. 반면 여행사 또는 여행알선업자가 교통비, 숙박비, 주요방문지의 입장료, 식대 등의 소요비용과 여행알선수수료를 각각 구분하여 받는 경우에는 여행알선수수료만 매출 또는 부가가치세 과세표준에 해당한다는 것이다(부가1265-2713, 1984.12.19.). 구분하여 받아야만 알선으로 인정된다는 것이다. 이것은 우리나라 여행사들이 가장 받아들이기 힘든 부분이다. 

다음으로 언제 현금영수증 또는 세금계산서를 발행하여야 하는가를 검토해본다. 세법은 이점에 대하여 간단하다. 재화나 용역이 제공된 때에 발행하도록 정하고 있다. 실제로 돈을 받은 때가 아니다. 국세청도 같은 해석이다. 여행사 여행알선업자가 용역을 공급하는 경우 역무의 제공이 완료되는 때 또는 공급시기에 간이세금계산서 또는 세금계산서를 교부하는 것이다(부가22601-53, 1991.1.12.).

마지막으로 여행경비의 영수증을 누구 명의로 받느냐다. 만일 여행사가 전액을 매출로 신고하는 경우에는 여행사 이름으로 모든 지출의 영수증이나 세금계산서를 받을 수 있다. 하지만 알선인 경우에는 여행경비는 관광객 이름으로 발행하여야 한다.