시내 관광코스 투어버스는 노선 여객자동차운송사업 중 시내버스운송사업으로 국토교통부령으로 정하는 광역급행형, 직행좌석형, 좌석형, 일반형의 운행형태를 구분하는 유형에 포함되지 않는다. 또 관광목적의 시티투어버스사업으로 국민 기초생활필수 용역이라고 볼 수 없다.

다른 시·도 지역의 시티투어버스 사업자들이 그 공급가액에 대해 부가가치세 과세표준으로 신고하고 있고, 국세청이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 공적인 견해표명을 한 사실이 없으므로, 신의성실의 원칙을 위배했다는 주장은 받아들이기 어렵다.

국세심판원은 다음과 같이 판단했다. 여행사는 부가가치세 면제대상인 여객운송 용역에 해당한다는 근거로 면허갱신 서류, 여객자동차운송사업면허증 사본을 제출했다. 부가가치세법 기본통칙 26-37-2【관광삭도시설 등에 의한 용역】에 의하면 “관광 또는 유흥 등의 목적으로 설치·운행하는 삭도시설(케이블카)·구름다리·선박 등을 이용하게 하는 것은 면세되는 여객운송용역의 범위에 해당하지 아니한다”고 규정하고 있다.

대법원은 「부가가치세법」이 여객운송 용역을 부가가치세 면제대상으로 규정한 것은 그것이 일반 국민의 기초적 생활에 필수적으로 관련되는 용역이라는 데 그 취지가 있는 것이라고 판단했다(대법원 2003.4.8. 선고 2001두10011 판결,). 여행사의 인터넷 홈페이지에 나타나는 설명과 이용요금 등에 의하면 관광객들에게 관광용역을 제공하는 것으로 이를 일반 국민의 기초적 생활에 필수적으로 관련되는 용역이라고 보기 어렵다(조심 2016부2586, 2016.11.25.).

또한 사업자등록증의 교부는 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부했다고 하더라도 영위하는 사업에 관해 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다(대법원 2008.6.12. 선고 2007두23255 판결, 같은 뜻임).

가산세 부과에 대해서도 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결, 같은 뜻임)(조심2018서4430, 2018.12.11.).