패키지 여행사는 여행상품을 기획해 고객에게 여행서비스를 제공하고 알선수수료를 매출로 한다. 항공, 호텔, 해외현지 입장권 등을 단품으로 판매해 수익을 내기도 한다.

여행사는 원활한 항공 좌석 수급을 위해 외국항행 용역을 제공하는 외국항공사 및 국내항공사, 항공사 GSA(총판대리점)와 차터 계약이나 좌석일괄매수계약 같은 전세기 계약을 체결하고 전세기 이용료를 지급한다. 여행사의 책임과 계산 하에 직접 항공권을 판매하거나 대리점을 통하여 판매한다. 전세기 이용료는 전세기 운항비용, 유류할증료, 보험료 및 여객에 대한 봉사료 등까지 포함하고 있다. 일부 여행사는 항공권 판매를 위한 마케팅 활동 및 판매에 대한 권한을 가지고 미판매 시 손실을 전액 부담하기도 한다.

대부분의 여행사는 기존 전세기 계약에 따른 항공권 매출에서 수수료만을 수익으로 인식했다. 그러나 기업회계(K-IFRS 1115호 수익기준서)가 개정돼 항공권 판매 시 권리의 사전적 통제 유무에 따라 수익을 총액 또는 순액으로 인식하도록 하면서 전세기 항공권 매출에 대해 수익을 총액으로 인식하는 여행사도 있다.

이렇게 여행사가 항공사로부터 외국항행 항공권을 구매해 고객에게 항공권이 포함된 여행상품 등을 판매하는 경우 부가가치세 신고 시에는 일반적으로 알선수수료만 신고하나 총액을 신고하는 여행사도 있다. 여행사가 여행상품을 판매하고 고객으로부터 받은 대가 전체를 공급가액으로 하는 경우 국제 항공료는 외국항행용역의 대가로서 영세율 적용 대상 여부가 이슈가 될 수 있다.

관광진흥법상 여행업을 영위하는 여행사가 항공사 등으로부터 외국항행 항공권을 구매해 관광 상품을 기획판매하거나 항공권을 단독으로 판매하는 경우 부가가치세 신고는 이렇게 요약할 수 있다. 여행객으로부터 여행객이 부담해야 할 항공료, 숙박 및 식사요금 등의 경비와 알선수수료(대행수수료)를 구분해 대가를 받는 경우 여행업자의 부가가치세 공급가액은 알선수수료(대행수수료)이다. 여행업자가 여행객에게 공급하는 알선(대행)용역은 부가가치세 영세율이 적용되는 외국항행용역에 해당하지 아니한다. 다만 총액으로 부가가치세를 신고하는 경우에 대해서는 국세청은 답을 하지 않았다(서면법령부가-1761, 2018.8.16.).