세무서는 보따리상에 대한 수수료로 인해 발생하는 부가가치세를 줄이기 위해 상위여행사가 페이퍼컴퍼니를 설립했다고 판단했지만 하위여행사와 거래의 당사자일 뿐이고 거래관계 이외에 연관관계가 없다. 따라서 하위여행사가 고액의 금액을 중국으로 송금한 사실은 동 여행사는 연관이 없고, 하위여행사와의 경영은 완전히 분리돼 있다.

면세점들과 최상위사업자들 간의 세금계산서 거래는 인정하고 있으면서도 동 거래는 단순히 수수료 정산서를 뒷받침할만한 증빙이 부족하다는 이유로 가공세금계산서로 간주하는 것은 무리가 있다. 더욱이 여행사가 세무조사를 받을 당시 모든 거래처와 거래에 대한 증빙을 동일하게 제출했으나, 세무서에서는 일부거래처의 거래는 정상거래로 인정하고, 대다수의 거래를 가공거래로 부인해 고발조치했다. 정상거래와 가공거래를 구분할 합리적인 기준이 없음에도 대다수의 거래를 가공거래로 단정하는 것은 부당하다.

동 여행사와 똑같은 거래형태를 가진 다른 여행사들은 검찰조사를 받았으나 전부 무혐의처분을 받았다. 불기소 이유통지서를 보면 상·하위여행사와 계약당사자로서 사업협력계약서를 작성하고 영업을 했다는 점과 하위여행사를 조사했다고 하여 실체가 없다고 단정하기 어렵고, 상·하위여행사로부터 구매내역의 정산서와 세금계산서를 수취 발행했다는 점이 인정됐다.

구매대행업의 태동경위와 거래의 특수성, 면세점에서 지급받는 페이백수수료에 대해 각 여행사들은 일정수수료만을 수령할 뿐이며, 그 대부분이 상품을 구매했던 보따리상에게 하위여행사를 통해 최종 귀속된다는 점, 사업자간 대가의 지급도 객관적인 금융증빙으로 대부분 확인된다는 점으로 볼 때 실제 거래가 있었음이 입증되는 증빙은 충분하다.

반면 이 거래와 관련된 사업자 중 왜 동 여행사를 포함한 일부 사업자만이 가공거래 사업자에 해당하는지, 실물거래 흐름이 명백함에도 실물거래 없는 가공거래로 본 이유가 무엇인지, 페이백수수료의 금융흐름에 소득귀속자들이 확인됨에도 이를 부인하고 가공거래라고 하는 이유가 무엇인지에 대한 과세관청의 설명이나 입증 없이 가공거래로 단정하여 행한 부과처분은 취소돼야 한다.