국세청의 입장은 반대다. 당사자 간 약정을 살펴보면 여행사는 호텔 예약 서비스 판매 대리인 역할로 해외 여행사에 호텔 예약 서비스를 제공하고, 계약 당사자는 결제가격과 시장 판매가격을 공동 결정한 후 그 차액은 해외 여행사 이익이 된다고 정하고 있다. 즉, 해외 여행사나 외국인 관광객에게 관광 알선용역을 제공한 것이 아니라 숙박 예약 대리 용역을 제공한 것으로 본다.

세법은 사업시설관리 및 사업지원 서비스업에 해당하는 용역을 공급하는 경우 외화 획득 용역 공급으로 판단해 영세율을 적용하는 것으로 규정하지만, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업 중 ‘여행사 및 기타 여행보조 서비스업’은 제외한다는 단서 조항을 명시했다. 즉, 동 여행사의 거래형태는 한국표준산업분류표상의 ‘여행사 및 기타 여행보조 서비스업’에 해당하는 ‘숙박예약 대리’로 보는 것이 타당하므로 영세율 적용 대상 매출이 아니다.

동 여행사의 서비스가 관광진흥법 제3조 관광사업의 종류에서 규정하고 있는 관광 알선용역에 해당하더라도 외국인 관광객에게 제공되는 숙박ㆍ관광ㆍ교통ㆍ식사 등의 용역은 관광 알선용역 대상에 불과하고 이를 관광 알선용역 자체 또는 그에 부수되는 용역으로 볼 수 없다. 또 외국인 관광객의 여행경비(숙박비, 관광장소입장료, 교통비, 식사비 등)는 외국인 관광객에게 제공되는 관광 알선용역의 대가로 볼 수 없다. 게다가 해외 여행사로부터 지급받은 수입 금액 중 여행경비와 관광 알선 수수료를 구분하지 않고 영세율이 적용되는 관광 알선 수수료 부분을 특정할 수 없다. 해외 여행사나 외국인 관광객에게 관광 알선용역을 제공했다 하더라도, 해외 여행사로부터 지급받은 거래대금은 외국인 관광객의 호텔 숙박비와 여행사의 수수료를 모두 포함하고 있으므로 영세율로 신고한 거래대금 전체는 영세율이 아닌 일반세율이 적용되는 매출에 해당한다.

그동안 세무서에서 영세율 신고를 하면 부가가치세를 환급해줘 영세율로 오인해 계속 신고한 것이므로 가산세는 면제돼야 한다고 여행사는 주장한다. 그러나 국세청은 오류를 발견하면 수정할 수 있고, 국세청이 공적인 견해 표명을 한 것도 아니므로 가산세를 면제하지 못한다는 입장이다.