세금을 내지 않고 법인의 돈이 사회로 유출되면 법인 대표자가 상여금을 받은 것으로 간주해 세금을 내야 한다. 대표자가 회삿돈을 가져간 것으로 보는 대표자 인정상여제도다. 이때 대표자는 법인 등기부상에 등재된 자거나, 주주 등의 임원 및 그와 특수 관계에 있는 자가 소유 주식 등을 합했을 때 당해 법인 발행주식 총수 또는 출자총액 100분의 30 이상을 소유하고 있는 임원으로 법인 경영을 사실상 지배하고 있다고 판단해 그자를 대표자로 한다(대법원 2010.10.28. 선고 2010두11108 판결 참조).

회사 장부로 손익 파악이 어려우면 추정으로 과세하는 추계조사‧결정 방법이 있다. 추계조사‧결정 방법으로 과세표준을 산정한 후 대표자에게 상여 처분할 경우 이 방법에 의해 결정된 과세표준과 법인 대차대조표상의 당기순이익 및 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액)이 사외에 유출됐는지의 여부나 사외에 유출됐다면 누구에게 귀속됐는지를 묻지 않고 대표자에게 과세한다(대법원 1990.9.28 선고 89누8231 판결 참조).

폐업한 여행사 대표는 명의상 대표자일 뿐 실제 대표자가 아니라고 주장하나, 법인 등기사항전부증명서상 대표이사로 등재됐다. 주식 전부를 양도받은 1인 주주인 사실과 법인세 납부고지서 및 대표자 상여 소득금액 변동통지서를 직접 수령한 사실도 확인됐다.

법인 등기부상 대표이사로 등재된 자는 실질적으로 회사를 운영하고 있다고 추정할 수 있다. 법인 등기부상 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 않는다는 사실은 이를 주장하는 사람이 입증해야 한다. 그러나 해당 대표자에게는 이를 뒷받침하는 객관적이고 구체적인 증빙이 부족하다.

여행사를 폐업하는 경우 법인세 신고 등 회계 관리를 제대로 하지 않으면 대표자에게 세금이 부과될 수 있다. 이점을 잘 모르는 여행사 대표자들이 많다. 휴업이나 폐업하려는 경우 반드시 관련된 세금 신고를 마무리해야 한다.