의료관광이 사업지원서비스에 해당하는 경우 영세율 적용이 가능하다. 그러나 의료관광이 여행업에 해당할 경우에는 영세율이 적용되지 않는다. 사업 내용을 실질적으로 분석해야 여행업인지 외국인 환자 유치인지 알 수 있다.

사업자는 국내사업장이 없는 외국 의료기관에 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상 사업지원 서비스업으로 분류되는 용역을 제공하고, 그 대가를 외국환 은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 경우 해당 국가에서 우리나라 거주자 또는 내국법인에 대해 동일하게 면세하는 경우에 한정해 영세율을 적용한다(사전법령부가-287, 2016.8.17.). 이 해석은 국세청이 이미 2016년에 내렸다.

주의할 점은 의료관광의 경우 수수료를 국내 의료기관에서 받는지 해외에서 받는지에 따라 부가가치세 영세율 여부가 결정된다. 계약형식에 따라 다른데 국내에서 받는 경우 영세율이 적용되지 않으나 해외에서 받는 경우에는 영세율이 적용된다.

사업시설관리 및 사업지원 서비스업(여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외)을 영위하는 기업이 국내에 국내사업장이 없는 비거주자에 공급하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 ‘기획재정부령으로 정하는 방법’으로 받는 경우 영세율이 적용되기 때문이다(부가가치세법시행령 제33조 제2항 제1호). ‘기획재정부령으로 정하는 방법’은 국외의 비거주자 또는 외국 법인으로부터 외화를 직접 송금 받아 외국환은행에 매각하는 방법이나 국내사업장이 없는 비거주자에게 용역을 공급하고 그 대가를 해당 비거주자에 지급할 금액에서 빼는 방법과 국외에서 발급된 신용카드로 결제하는 방법, 국외 금융기관이 발행한 개인 수표를 받아 외국환은행에 매각하는 방법, 외화를 외국환은행으로 직접 송금 받아 외화예금 계좌에 예치하는 방법(외국환은행이 발급한 외화입금증명서에 따라 외화 입금 사실이 확인되는 경우에 한정)을 말한다(부가가치세법시행규칙 제22조).

외국인 환자 유치 또는 의료관광이 영세율인지 여부는 사실 판단의 문제로 여행업을 전문으로 하는 회계사의 도움이 필요하다.