따이공이 면세점에서 물건을 구입하면 가이드 이름과 그룹번호, 고객(따이공)명, 매출금액 등 매출에 관한 세부 정보가 면세점 시스템에 기록된다. 면세점은 면세점 시스템상 매출내역을 기준으로 상위 여행사와의 사전 약정 수수료율에 따라 송객수수료를 지급한다.

면세점은 매출액 증가를 위해 따이공에게 지급할 페이백 수수료를 판매 장려금 지급 방식으로 처리했다. 면세점은 따이공에게 직접 페이백 수수료를 지급하지 않고, 용역에 대한 대가인 송객수수료와 따이공에게 지급할 페이백 수수료를 합한 금액(이하 ‘이 사건 대가’)을 공급가액으로 하는 세금계산서를 상위 여행사로부터 수취한 후 공급가액에 부가가치세액을 더한 금액을 상위 여행사에 지급했다. 상위 여행사는 이 사건 대가를 수령하면 송객수수료 중 일부를 차감한 나머지와 페이백 수수료를 중위 여행사에 지급한다.

이와 같은 거래 구조상 단계를 거쳐 하위 여행사에 이 사건 대가가 이전됐다. 면세점에 등록된 상위 여행사는 하위 여행사에서 모집한 따이공에게 물품을 구입시 상위 여행사의 그룹번호(구매코드) 등을 사용하도록 했다. 상위 여행사가 면세점으로부터 이 사건 대가에 대한 정산서 등을 송부받으면 상위 여행사는 면세점별, 일자별로 확인 작업을 거쳐 면세점 정산서의 내용을 확정하고, 다시 중위 여행사와 사전 약정에 따라 구매 일자, 그룹번호, 가이드코드, 매출액, 수수료 등이 기재된 정산서를 작성해 중위 여행사에 보낸다. 중위 여행사는 이를 확인해 내용을 확정한 다음, 다시 하위 여행사로 정산서를 보낸다. 이러한 절차를 통해 각 단계 여행사는 자신이 지급받을 용역 수수료를 구체적으로 확정했다.

원고 여행사는 이 사건 거래구조에 따른 중위 및 상위여행사로 하위여행사 매입처로부터 매입세금계산서를 받고, 상위 여행사 매출처에 공급가액 매출세금계산서를 발행했다. 이에 대해 국세청은 세무조사를 실시한 후 실제 용역을 제공받거나 제공하지 않고 세금계산서를 발행‧수취한 것으로 판단해 부가가치세를 추징했다. 이에 대해 원고 여행사는 조세심판원에 심판청구를 했지만, 조세심판원은 이를 기각했다.